作为承载清华大学建设“双一流”大学的重要使命的医学学科组成部分，北京清华长庚医院以成为国际一流医学中心为目标，以“提供健康守护、培养医学精英、创新临床研究、追求卓越管理”为使命，全面借鉴台湾长庚纪念医院现代医院管理模式和经验，实现医教研均衡发展，创新突破，砥砺前行。
    医院正迈向全面建设教学研究型医院的高质量发展新阶段，目前医院有内科部、外科部、妇儿部、专科部、急重症部、医技部、全科与健康医学部、肝胆胰中心、器官移植中心、神经中心、医学研究中心等多个学部，内设50余个科室，学科带头人40余人，全力推动医院学科发展，实现医院国际一流医学中心目标。